Pracovníci Národního parku Šumava odebírali vzorky vody ze šumavských  řek a potoků. Park sleduje složení vody na rašeliništích a ve vodních  tocích od roku 2006 a ukazuje se, že v přírodních částech Šumavy je kvalita vody dlouhodobě výborná. Kvalita vody se sleduje hlavně v souvislosti s prováděnou revitalizací, tedy znovu zamokřením a oživením, dříve odvodněných mokřadů a rašelinišť.

Pravidelně, každý měsíc zkoumají odborní pracovníci Národního parku Šumava kvalitu vody na rašeliništích a ve vybraných tocích na území Šumavy. Měřením kvality vody si mohou ověřit, jestli revitalizace rašelinišť byla úspěšná a jestli nějakým způsobem ovlivňuje kvalitu vody v tocích. Odvodnění má pro rašeliniště i ostatní mokřady velmi neblahé následky. Způsobuje jejich vysychání, mizí vzácné druhy rostlin a živočichů a v konečné fázi může vést až k zániku rašeliniště.Kromě rašelinišť v oblasti Modravských slatí nebo v kotlině Křemelné se sledují i některé větší toky – například Roklanský potok, Křemelná nebo Hučina. Sledování kvality vody v těchto tocích mnohé prozradí i o tom, co se děje s okolní krajinou a jaký dopad mají různé způsoby jejího využívání.Vzorky vody se odebírají v potocích po celý rok, na rašeliništích od jara do podzimu, protože povrch rašeliniště během zimy zamrzne a pokryje se několikametrovou vrstvou sněhu. Vzorky se analyzují v laboratořích Povodí Vltavy v Českých Budějovicích, kde stanoví kyselost vody a také obsah důležitých látek.Během sledovaných let se kvalita vody na revitalizovaných rašeliništích mírně zlepšila, což potvrzují i výsledky laboratorních testů. V krajině jsou ale patrné rozdíly mezi toky v různých částech území. Mnohem více jsou zatíženy toky v okolí sídel nebo v povodích s intenzivně zemědělsky využívanou krajinou.Na sledovaných úsecích větších toků, které protékají přírodní krajinou nad lidskými sídly, ale zůstává kvalita vody od roku 2006 přibližně stejná bez extrémních výkyvů. Například koncentrace dusičnanů jsou všude hluboko pod stanovenými normami pro kojeneckou vodu a velmi nízké jsou koncentrace síranů.