Přestože není těžba dřeva k prodeji posláním národních parků, dva největší - šumavský a krkonošský - si podle zveřejněných výsledků kontroly Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) v letech 2009 a 2010 dřevem značně přivydělávaly. V roce 2009 a 2010 získaly prodejem dřeva téměř 801 milionů korun, což se blíží k celkové výši příspěvků od státu za toto období.

Tržbami z prodeje nahrazovaly správy klesající příspěvky ze státního rozpočtu, zejména se tak dělo v roce 2010 v Národním parku Šumava, o jehož hospodaření se vedou spory desítky let. NKÚ poukázal také na fakt, že v lesích tam zůstává méně dřeva k zetlení, než stanovují předpisy.

Formou příspěvků na provoz a dotací správy parků za dva roky dostaly 962 milionů korun. Součet přípěvků podle NKÚ poklesl u Krkonošského národního parku z 241 milionů v roce 2009 na 195 milionů o rok později. U Správy NP Šumava spadly příspěvky z 304 milionů na 220 milionů. „Tento rozdíl byl v roce 2010 nahrazen zvýšenými tržbami za prodej dřeva, zejména u Správy NP Šumava,” konstatuje závěr prověřování NKÚ s tím, že posláním parku není těžba za účelem prodeje. Je proto otázkou, zda mají být parky spravovány formou příspěvkových organizací.

Na Šumavě bylo vytěženo 665 tisíc metrů krychlových dřevní hmoty, k zetlení bylo v roce 2009 ponecháno 13 procent, o rok později 23 procent. To neodpovídá minimálnímu množství požadovanému předpisy. Například ve třech kontrolovaných porostech 2. zóny bylo ponecháno devět procent dřeva namísto 30 procent a v osmi porostech, kde měla zůstat desetina dřeva, jí byla ponechána pouze dvě procenta.

Přestože je kácení zejména v 1. zónách poměrně drahé, správa parku neprovedla kontrolu zásahů ani vyhodnocení jejich dopadů, podle NKÚ proto nelze určit, zda má kácení požadovaný efekt. V roce 2010 stálo kácení v nejcennějších lokalitách Šumavy 3,8 milionu korun, na dalších 1,9 milionu přišlo loupání kůry nastojato spolu s náklady na odkornění.

Obecně NKÚ postrádá koncepční dokument pro rozvoj národních parků. Poukázal také na rozdělení pravomocí, které připouštějí, aby správy parků udělovaly samy sobě jako orgán státní správy různá povolení. Postup podle NKÚ nicméně vychází z obecně závazných předpisů. Úřad ve zprávě zmínil, že ministerstvo životního prostředí nyní připravuje nový zákon o NP Šumava. Taková závazná koncepce bude ale platná pouze pro tento park, konstatuje NKÚ.